Titular do órgão executivo que dirige, coordena, superintende e fiscaliza todas as actividades da Universidade. Tem ainda a responsabilidade de responder, perante o órgão de Tutela, pelo funcionamento institucional.
Órgão colegial de carácter deliberativo e executivo, presidido pelo Reitor.
O senado é composto por:
a) membros por inerência de funções;
b) três representantes do corpo docente (dois da classe de professor e um da classe de assistente);
c) três representantes do corpo discente (manhã, tarde e noite);
d) três representantes dos trabalhadores (indicados pelos próprios, em Assembleia de trabalhadores);
e) três representantes da sociedade civil convidados pelo Reitor;
Órgão colegial que compete, em geral, dar execução às directrizes emanadas do Senado no campo da gestão administrativa, financeira e patrimonial da UÓR
Órgãos de Coordenação e Supervisão das Actividades Científicas e Pedagógicas
Órgão colegial deliberativo para as questões científicas, de investigação e de pós-graduação das unidades orgânicas, constituído no mínimo por cinco docentes da classe de professor/investigador com grau de Doutor.
Órgão colegial deliberativo para as questões pedagógicas das unidades orgânicas. Constituído por três docentes com a categoria de professor, três docentes com a categoria de assistente e três representantes do corpo discente (manhã, tarde e noite).